手性色譜柱是由具有光學活性的單體，固定在硅膠或其它聚合物上制成手性固定相。通過引入手性環境使對映異構體間呈現物理特征的差異，從而達到光學異構體拆分的目的。要實現手性識別，手性化合物分子與手性固定相之間少存在三種相互作用。這種相互作用包括氫鍵、偶級-偶級作用、π-π作用、靜電作用、疏水作用或空間作用。手性分離效果是多種相互作用共同作用的結果。這些相互作用通過影響包埋復合物的形成，特殊位點與分析物的鍵合等而改變手性分離結果。由于這種作用力較微弱，因此需要仔細調節、優化流動相和溫度以達到佳分離效果。

    根據手性固定相和溶劑的相互作用機制，Irving Wainer提出了手性色譜柱的分類體系：
第1類：通過氫鍵、π-π作用、偶級-偶級作用形成復合物。
第2類：既有類型1中的相互作用，又存在包埋復合物。此類手性色譜柱中典型的是由纖維素及其衍生物制成的手性色譜柱。
第3類：基于溶劑進入手性空穴形成包埋復合物。這類手性色譜柱中典型的是由Armstrong教授開發的環糊精型手性柱[2]，另外冠醚型手性柱和螺旋型聚合物，如聚（苯基甲基甲基丙烯酸酯）形成的手性色譜柱也屬于此類。
第4類：基于形成非對映體的金屬絡合物，是由Davankov開發的手性分離技術，也稱為手性配位交換色譜（CLEC）。
第5類：蛋白質型手性色譜柱。手性分離是基于疏水相互作用和極性相互作用實現。